SFC版『真・女神転生2』には、非常に多くのバグが残っている。はっきり言って、今日このようなゲームを発売した場合、回収問題にまで発展してもおかしくないほど厄介なバグが残っている。SFC版を発売日に買った人なら記憶していると思うが、あまりにも酷すぎることはアトラスも承知していたためか、ゲームにお詫びのチラシが同梱されていたほど、そもそも問題があったゲームなのである（しかしこの反省が、のちの移植版に反映されなかったことが、なによりも悔やまれる）。
このページでは大きなものから小さなものまで、確認されているバグの一覧を掲載しておく。また、危険度に応じてランク付けもしておいた。「S」が一番危険で、以下、A、B、Cと続く
人間のステータスの、経験値表示がおかしな文字列になる。この症状はまだ軽い方で、たとえこのバグが発生してもレベルアップに支障はない。レベルアップのタイミングがわからなくなる以外、たいした被害はない（？）と思われるので、気にしなくていい。
本来悪魔合体ではすでに仲魔になっている悪魔と同じ悪魔を造ることはできないが、合体事故が起こった場合、すでに仲魔になっている悪魔でも造れてしまう。
たとえば宝玉を9個（A）と3個（B）で別々に持っていたとする。このとき宝玉Bを使ってみると、本来であれば宝玉Bは2個となるはずだが、なぜか数が減るのは宝玉Aで、宝玉Aの所持数は8個となる。つまり、使用するアイテムとして指定した方の個数が減らないのである。アイテムの総数自体に変わりはないのだが、指定していないアイテムの個数が減るのは不自然すぎる。
その名の通り、アイテムを増殖させることができる。各種香も増やせる。実行するとゲームが面白くなくなるので、しない方がいい。
スクカジャを使うと命中力が下がってしまうというとんでもないバグ。本来スクカジャは命中力を上げる魔法なので、これは本当に酷い。なんでこんなことになってしまったんだ？
ヒロコを助け出すときにナジャがいると、ヒロコのアビリティがすべて＋1されるはずなのだが、その処理がなされないというバグ。逆にナジャを仲魔にせずヒロコを助けると、アレフのアビリティが全て＋1される。
ファクトリーのダークゾーンで邪龍ワームや屍鬼ワーカーホリックと戦うと、なぜか取得魔貨が8倍になる。お得なバグとも考えられるが…。
人間を加えたランダム合体をおこなうと、自分のレベル以上の悪魔を造れるというバグ。戦闘バランスの崩壊というより、ゲームシステムの崩壊という形に近い。
各防具の防具相性はしっかり設定されているものの、いざ防具を装備するとその効果が現れないというバグ。仮に頭・身体・腕・足に防具を装備しても、ひとつの防御相性しか反映されない。もうここまでくると、防具相性は気にしなくていい。なかったものと諦めよう。
真2の特徴である魔法継承には、本来継承されるべき魔法を継承しないだの魔法が消失するだのといったバグがある。深く考えるのも面倒なので、特に気にしないが吉。また合体剣を造るとき、材料となる仲魔を選択した後にそれをキャンセルすると、選択された仲魔が継承していた魔法は消えてしまうので注意。
カジャをかけすぎる
と数値がループ
（危険度：B）
タルカジャをかけすぎると、攻撃力の数値がループしてしまうというバグ。ボス戦で重要な意味を持つ魔法なだけにこのバグは痛いが、対策としては、タルカジャの回数を2回程度におさえておけば問題はない。
BAT・FLY・CURSEのバッドステータスを解除すると、その他の装備品のアビリティボーナスまでもが消えてしまうというバグ。そもそもこのバッドステータスになること自体まれなのだが、それにしても酷い。
とにかくメチャクチャ。あまりにも数が多すぎて、ここでは挙げられない。詳細は特技一覧のページで。デバッグを投げ出した？
ヒロコとナジャの合体イベントの最中、Aボタンを連打するとフリーズする場合がある。アビリティが上がらないまったく意味のないイベントである上にフリーズバグまであるとは…。
管理者のカセットではよく起こる。魔界にいけるようになるぐらいまでストーリーを進めたあと旧六本木2Dフィールドに出現する妖鳥たちと戦うと、この現象になりやすい。こちらのHPが500前後あるにもかかわらず、妖鳥程度に一撃で殺されてしまう。
外道ドッペルゲンガーなど物理攻撃を反射する悪魔に攻撃を反射されると、パーティーにいないはずのキャラクターがダメージを受けるなどしてバグる。
Yボタンを押すとコマンドモードを自動ですべて解除できるが、戦闘中にこれを実行するとフリーズする。対策としては「Yボタンは押さない」。これにつきる。
戦闘中仲魔の召喚を
繰り返すとフリーズ
（危険度：S）
戦闘中に仲魔を召喚する行動を7回以上繰り返すとフリーズする。終盤のボス戦では特に注意したい。完全にナメているとしか言いようのないバグ。
ゲーム中、いたるところで見るバグ。何もないところにカーソルがあわさったり、メッセージがずれて表示されたりする。カーソルのズレはメディアラハン→「しかし 効果がなかった」のときなどによく起こる。また魔法入れ替えで空欄になったところを選択し、魔法を使うとデータが消えてしまう恐れがあるので注意。
とりあえず有名なものや出やすい症状を列挙してみたが、まだまだこれ以外にもバグはあるものと思われる。むしろ、なにひとつバグを発生させずにゲームを終わらせることの方が難しいだろう。いかにバグとうまく付き合っていくか…それも『真・女神転生2』のプレイヤーに与えられた、救世主になるための試練なのかも知れない。
