アイギス

アイギスは元々NW以前に対テロ活動を行っていた国際治安維持組織であった。
アイギスの前身組織は、シェルターでの活動の最中『オービット・ファイル』、通称OFと呼ばれる量子演算衛星へのアクセス権を確立しており、その未来予知とも言える高度な演算予測によってエルフの侵攻を対処してきた。
OFはエルフ殲滅後の人類が残ったジャマー技術と防術機によって最悪の戦争を始め、人類が滅亡すると予測しており、アイギスはそれを阻止すべくエルフ前線の維持やスーサイドIFの管理・規制などの活動を続けている。
OFの存在とその予測結果は最高機密として扱われており、これらの情報はアイギス軍上層部と、最上位委員会しか知りえない。
主な活動は、スーサイドIF技術や資源の規制又は押収、エルフから奪還した領域の復興等である。
アイギスは「最上位委員会」とでも言うべき最上位の意思決定機関が存在し、ここがそれより下位に存在するあらゆるアイギス構成組織（例：『M.S.O.』や『アイギス軍』などの下部組織を総括した指揮権を持つ。）を総括して指揮する構造となっている。

また地上奪還後はミサトを中心としたコミュニティやエリアJP内の区画の管理を行っており、アイギス傘下の組織や企業等に対して指示等も行っている。

しかし現在では内部での思想の違いから軋轢が生じていて、資源や技術の押収や管理等に関しても
タカ派（資源・技術の強行押収型、どちらかと言うとミサトやアイギスのパワーバランスが最上位に来る事に注視、優先）
中庸（いわゆる従来の方針に近いタイプ。あくまで人類の為に過剰な部分のみを選定している形。）
ハト派（人類の生存圏存続の為には規制技術も致し方なし、部分的に黙認）
に分かれてしまっている。
結果としてスーサイドIF技術の認定等はその時に発言力の強かった派閥の意思決定に左右される為、やや認定にもバラつきがある。

アイギス軍

アイギスの直接的軍事力として編成された軍事組織。攻撃性の高いスーサイドIFとの戦闘や対エルフ戦などのジャミング環境下での活動が想定され、運用兵器の大多数が防術機である。
最上位委員会の指揮下で対エルフ戦線を先導しており、エルフとの接敵の近い前線の組織と協力しながらミサトの防衛ラインの維持や、プラント攻略作戦の主軸として活動している。
アイギス軍最大の特徴は複数の『第零世代防術機』を保有していることであり、これがミサト最大の戦力を持つと言われる要因である。
シェルターで製造された30機の内18機がすでに失われているが、残る12機はすべて稼働可能な状態であり、過去には攻撃性スーサイドIFや母機エルフの撃破の為の実戦投入が行われていた。
これらの機体は一機ずつ別の場所で格納され、許可なく起動が行われた場合は遠隔制御によって自壊する機構など、厳重な管理が行われている。
しかし、スーサイドIFの規制を推奨しているアイギス自らが、第零世代機というスーサイドIFを運用している事実についての批判は少なくない。

M.S.O.（ミサト・セキュリティ・オーダー）

アイギス傘下のエリアJPの治安維持法執行機関。
対外向けのアイギス軍とは違いこちらはエリアJPの治安維持を主目標とした組織で、エリアJPのアイギス傘下の区画は多くそれに対応する為に各地に支署がある。
基本的には犯罪や事件の捜査等を行うのが基本で、人員は一般人から広く募集もしている。
防術機を使用した犯罪も未だ多く防術機も多数保有しているのが特徴だが、支署によっては保有している機体が違う事も稀にある。
エルフ侵攻等の緊急時の際には、アイギス軍に組み込まれるなど予備戦力としての面もある。
アイギス傘下の組織ではあるが区画内で自治権を有しているのはまた別のアイギス傘下の組織である事も多く、出動の際にはごく稀にだがトラブルになる事も。

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