自分や相手のLP、手札、デッキ、フィールドなどに効果を及ぼす特殊な能力。
条件を満たすことで自動で発動する自動発動スキル、任意のタイミングで使用できるコマンド発動スキル、イベント限定のEXスキルの3種類に大別される。
デッキ毎に所持しているスキルを1つセットできる。EXスキルはセットする必要はなく、普段使うスキルと併用できる。
スキルは発動から処理終了まで、あらゆるカードでチェーンを組むことはできない。
スキルの獲得方法は、レジェンドデュエリスト(イベント含む)とのデュエル報酬、ランク戦・フリー対戦のデュエル報酬、カードトレーダーのスキルくじ。一部、デュエリストのレベルアップ報酬、生涯ミッションでのみ獲得可能なスキルもある。
素直に強いスキルから一見弱く見えるスキルまであるが、スキルに合わせてデッキ構築したり、新しいカードが追加されたりすると強力になる場合もあるので、色々考えると面白いかもしれない。
スキルの仕様が変更される時は事前にお知らせがある。
※主に用いられる目的別で分類しているため、スキルの効果と異なる場合がある。
※複数の目的で用いられるスキルは複数記載している。
